琪琪是一個13歲的實習魔女。依家族慣例，這是時候琪琪應該離開她的家，到一個新的城市去展開獨立的新生活，修行成為正式的

魔女。她用她媽媽的掃帚，帶著她最親密的同伴黑貓吉吉（ジジ）出發去開展她的新生活。 於是琪琪遷入了美麗的海邊城市「克里克」（コリコ）。起初她不能適應城市的生活節奏，後來在麵包店的女店主索娜的幫助下，琪琪利用掃帚飛行的專長，開了一家快遞公司（宅急便）。後來琪琪經歷過一些挫折，諸如過了約定送貨時間、送錯物品及遇見粗魯的客人等。她也必須獨自面對她的孤獨、憂慮以及思鄉的情緒。

後來有一天，琪琪因為心情鬱悶、對自己的行為感到疑惑時突然失去所有的法力。最終琪琪在她的新朋友，年輕畫家烏露絲拉（ウルスラ）的幫助下，克服了這些障礙。之後在一次飛船的意外裏，琪琪為了拯救她在千鈞一髮之際重新獲得了飛行的能力，拯救了他。